A Amazônia, ao contário do que muitos pensam, não é um ecossistema. A definição de ecossistema, termo formado pela junção de duas palavras gregas (oikos, casa e systema, sistema) é uma unidade composta por um ambiente físico com o conjunto de seres vivos que nele habitam, no qual há a coexistência de fatores bióticos (interação entre os seres vivos) e abióticos ( meio físico propriamente dito, ação da água, dos ventos da luz solar, etc.), havendo ainda a interação entre os fatores bióticos e abióticos.
Na Região Amazônica, há uma enorme variedade de ecossistemas, porque a Amazônia é dividida em regiões distintas, cada uma das quais com sua biodiversidade específica. Simplificando, há pelo menos 6 grandes ecossistemas na Amazônia, cuja distinção é feita pelo relevo, umidade do solo e clima. Estes ecossitemas estão assim distribuídos: florestas de áreas secas, florestas de áreas alagáveis (cujo solo passa uma parte do ano alagado e a outra parte seco), ecossistemas fluviais (os rios), ecossistemas lacustres (lagos e lagoas), ecossistemas de igarapés, que são pequenos cursos de água entrelaçados e finalmente os ecossitemas de cerrado, onde a vegetação é composta por arbustos e gramíneas.
Os cinco primeiros ecossistemas ocorrem nas áreas de clima equatorial (quente e chuvoso praticamente durante todo o ano) e o do cerrado, que ocorre na maior parte do Território de Roraima, é característico do clima tropical com duas estações bem definidas, sendo uma chuvosa e outra mais seca.
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